凌晨肚子痛可能是由多种原因引起的，以下是一些可能的解释：

1. 消化问题：可能是由于消化不良或胃肠道炎症引起的。这可能是由于饮食不当、食物过敏、消化酶不足或胃肠道感染等原因引起的。

2. 胃肠痉挛：胃肠痉挛是一种胃肠道肌肉痉挛，可能导致疼痛和不适。这可能是由于压力、饮食不当、药物副作用或某些疾病引起的。

3. 胃肠疾病：一些胃肠道疾病也可能导致肚子痛，如胃溃疡、十二指肠溃疡、胆囊炎、阑尾炎等。这些疾病通常伴随着其他症状，如恶心、呕吐、腹泻等。

4. 其他原因：其他可能的原因包括消化系统感染、胆结石、胰腺炎、肠梗阻等。

如果你经常出现这种情况，建议你去看医生进行详细的检查和诊断。在就诊期间，医生可能会要求你提供详细的病史、进行体格检查和进行相关的实验室检查，以确定具体的病因。

如果你在疼痛时感到严重或持续时间较长，建议尽快就医。在等待就诊期间，你可以尝试一些缓解疼痛的方法，如喝温水、吃轻食、避免辛辣食物和饮酒等。