在孕40天时，通常可以看到胎儿或胚胎的结构，因为这个阶段胚胎已经形成了。但是如果在B超检查中未能观察到胚胎，可能有以下几种情况：

1. 太早：如果孕周没有准确计算，或者孕期还处于非常早期（如6-8周），胚胎可能太小，B超难以检测。

2. 孕期问题：有些情况下，如宫外孕、流产的早期阶段，或某些类型的染色体异常，胚胎可能不会正常发育，B超可能无法看见。

3. 技术问题：B超检查需要有经验的技术人员操作，如果操作不当或者设备问题，也可能无法看到胚胎。

4. 检查时机：有时候，可能需要重新安排检查，因为胚胎可能在不同的时间内位置不同，影响B超的观察。

如果出现这种情况，建议与医生沟通，可能需要再次B超检查或者进行血液检查来确认孕妇的孕情。重要的是及时与医生交流，以便得到适当的建议和治疗。