巧克力囊肿，即子宫内膜异位症，确实可能影响生育。巧克力囊肿是由于子宫内膜细胞在子宫以外的部位生长，如卵巢、输卵管、盆腔等，形成囊肿，囊肿内部充满血液并形成类似巧克力凝固物的物质。这些异位的内膜在月经期间同样会受激素影响出血，但由于没有排出的途径，血液积聚在囊肿内，形成囊肿。

巧克力囊肿对生育的影响主要表现在以下几个方面：

1. 痛经：囊肿会使卵巢的正常功能受到影响，可能导致痛经，这可能会影响受孕期的情绪和身体状态。

2. 不孕：囊肿可能会影响排卵，导致月经不规律，甚至阻碍卵子和精子的结合，降低怀孕机会。

3. 早期流产：即使怀孕，囊肿也可能影响胎盘的附着，增加早产和流产的风险。

4. 异位妊娠：卵巢巧克力囊肿破裂或增大可能导致宫外孕。

5. 生殖道疼痛：囊肿可能压迫周围组织，引起性交疼痛或排便疼痛。

因此，如果有巧克力囊肿，应尽早接受专业的医学评估和治疗，以提高生育机会。治疗方法可能包括药物治疗、手术移除囊肿或辅助生殖技术，具体取决于病情严重程度和患者的生育需求。