三岁的宝宝摇头可能有多种原因，以下是一些可能的解释：

1. 萌芽期的行为：三岁是孩子开始模仿大人行为的阶段，包括摇头、挥手等动作。他们可能只是好奇或者好玩。

2. 注意力不集中：如果宝宝在看东西或者听故事时，摇头可能是他们集中注意力的方式，或者是对周围环境的反应。

3. 不舒服：如果摇头伴随着不安、烦躁或者流鼻涕、耳痛等不适症状，可能是身体不适的表现，如耳朵有异物或者感冒等。

4. 缺乏微量元素：体内缺乏一些重要的微量元素，例如钙或者维生素D，也可能导致宝宝出现摇头的现象。

5. 神经发育问题：极少数情况下，长期反复的摇头可能与神经系统发育有关，需要儿科医生的评估。

如果你注意到宝宝摇头频繁或者持续时间较长，最好向儿科医生咨询，以便确定具体原因并给予适当的处理。同时，观察并提供安全的环境，避免宝宝因为摇头而碰撞到家具或摔倒。