小拇指关节疼痛可能有多种原因，以下是一些常见的可能：

1. 过度使用或劳损：频繁地使用小拇指，比如打字、弹琴、抓握物体等，可能导致关节疲劳和疼痛。

2. 关节炎：如骨关节炎、类风湿关节炎等，这些疾病可能导致关节炎性疼痛，可能在早晨或者疲劳后加重。

3. 腱鞘炎：小拇指腱鞘炎（也叫屈指肌腱鞘炎）是一种常见病，由于手指反复活动，腱鞘受到炎症刺激，导致疼痛。

4. 手部损伤：如扭伤或者撞击，可能导致关节局部损伤，引起疼痛。

5. 肥大性关节病：这是一种罕见但严重的关节疾病，会导致关节增大，疼痛和功能障碍。

如果疼痛持续存在或者加剧，建议您尽快去医院就诊，以便得到正确的诊断和治疗。医生可能会进行临床检查，并根据需要进行影像学检查（如X光、MRI等）以帮助确定病因。