同房时肚子疼可能由多种原因导致，具体包括：

1. 性行为引起的疼痛：在性行为过程中，由于肌肉紧张、阴道扩张或收缩、体位变化等因素，可能短暂地引起腹部不适，通常不会持续很长时间。

2. 情绪压力：性爱时如果情绪紧张或者有心理压力，可能会引发胃肠道的紧张反应，表现为肚子疼。

3. 子宫位置问题：如果女性有子宫前倾或子宫内膜异位症等妇科问题，同房时可能会刺激到子宫，导致疼痛。

4. 妊娠反应：怀孕早期的妇女可能会在性生活后出现疼痛，尤其是在有早孕反应的情况下，如胃部不适和怀孕期间的激素变化。

5. 宫颈疾病：比如宫颈炎、宫颈口松弛等情况，性行为时可能会有所牵拉，导致疼痛。

6. 炎症感染：如阴道炎、附件炎等生殖系统炎症，同房时可能导致炎症部位不适。

如果肚子疼持续时间较长、疼痛程度加重或伴有其他症状（如发热、呕吐、血尿等），可能是疾病的表现，建议及时就医。