腰疼醒来可能是由多种原因引起的：

1. 睡姿不当：如果你睡觉时姿势不正确，可能使腰部肌肉和韧带承受额外压力，尤其侧睡时，可能会导致腰部不适。

2. 脊柱问题：如果长期坐姿不良，脊椎疾病如腰椎间盘突出、腰椎管狭窄等都可能导致腰疼。

3. 过度疲劳：如果你工作或运动后腰部疲劳没有得到充分休息，休息时姿势也不好，第二天可能会感到腰疼。

4. 缺钙或者腰肌劳损：长期营养不良、缺乏钙质可能导致骨质疏松，加上晚上休息时肌肉松弛，可能会出现疼痛。

5. 睡眠质量差：睡眠中翻身次数过多，或者床铺硬度不适，都可能造成腰部不适。

如果你的腰疼持续不断或者疼痛剧烈，建议及时去医院就诊，了解具体原因并接受治疗。同时，定期做腰部保健操，注意休息和饮食，也是预防腰疼的重要措施。