选择CT还是核磁共振（MRI）来检查头痛，主要取决于以下几个因素：

1. 症状：如果头痛较为严重，伴随其他症状如高热、呕吐、意识不清等，可能是紧急情况，可能需要立即做CT以排除脑部出血等严重问题。

2. 频率: 对于慢性或经常性的头痛，MRI可能提供更详细的结构信息，特别是对于颈椎病、脑肿瘤或血管性疾病诊断有帮助。

3. 需要对比：MRI特别适合于检查软组织，如血管、神经或脑组织，有助于诊断如脑血管畸形、多发性硬化等。

4. 效率: CT扫描速度较快，一般在几分钟内完成，对于需要迅速诊断的患者更为合适。

5. 泛用性: CT在大多数医疗机构都较为普及，而MRI则相对昂贵且需要专业的放射科医生操作。

总的来说，医生会根据你的具体情况来判断哪种检查更适合你。如果不确定，最好咨询医生。