月经来时腰疼和肚子疼，医学上称为痛经，是许多女性在月经期间常见的症状。痛经的原因可能有以下几点：

1. 生理因素：子宫肌瘤、子宫内膜异位症、子宫颈管狭窄等情况可能导致痛经。正常月经过程中，子宫内膜脱落时收缩以排出血块，但如果过度收缩，会引起疼痛。

2. 激素影响：月经期间，体内雌激素和孕激素水平的变化可能影响子宫收缩，如果这种变化过于剧烈，就会导致疼痛。

3. 子宫位置：子宫位置异常，如子宫后倾或侧倾，可能会增加痛经的风险。

4. 盆腔炎症：由于炎症，盆腔内的组织可能出现疼痛反映。

5. 心理因素：有些女性可能存在焦虑、紧张等情绪，情绪压力也可能加剧痛经。

6. 生活习惯：饮食不均衡、缺乏运动、过度劳累等也可影响月经期间的疼痛。

如果你的痛经已经影响到正常生活，建议及时就医，以便找出疼痛的具体原因并进行适当的治疗。同时，保持良好的生活习惯和饮食习惯也可以在一定程度上缓解痛经。