肚子疼在三岁孩子身上可能是由多种原因引起的。以下是一些可能的原因：

1. 消化问题：三岁孩子消化系统发育还不完全，可能会出现消化问题，如胃食管反流、胃肠痉挛、肠痉挛等。这些问题可能导致肚子疼。

2. 感染：三岁孩子可能容易感染病毒或细菌，如肠胃炎、病毒性肠炎等。这些感染可能导致肚子疼。

3. 疼痛敏感：三岁孩子可能对疼痛的感知比较敏感，即使轻微的疼痛也可能让他们感到不舒服。

4. 其他疾病：三岁孩子还可能出现其他疾病，如阑尾炎、疝气、肾脏感染等，这些疾病也可能导致肚子疼。

如果你的孩子出现肚子疼，建议你带他去看医生，以便进行详细的检查和诊断。医生会根据孩子的症状、体征和其他检查结果来确定肚子疼的具体原因，并采取相应的治疗措施。