跑步时膝盖外侧疼可能有几种原因：

1. 膝关节过度磨损：长期跑步，特别是跑步姿势不正确或者着力点不均匀，可能会导致膝关节软骨磨损，引起疼痛。

2. 股四头肌不平衡：股四头肌是大腿前侧的主要肌肉，如果它较弱，可能会使膝盖承受过多的压力，导致膝盖外侧疼。

3. 半月板问题：半月板是膝关节内的软骨垫，如果受到损伤，可能会引起疼痛，特别是跑步和下楼梯时。

4. 胫骨外侧疼痛综合征（ITBS）：这是一种常见的运动伤害，主要由跑步引起的，当脚踝过度内翻时，会拉扯膝关节外侧的结构，引起疼痛。

5. 腿部肌肉力量不足或灵活性差：腿部肌肉特别是臀大肌、股二头肌和小腿肌肉的不足或者紧张，可能也会反映在膝盖外侧的疼痛上。

如果疼痛持续且严重，建议立即停止跑步，休息一段时间，并寻求专业医疗人员的帮助。他们可以通过体格检查和可能的影像学检查来确定疼痛的原因，并给出相应的治疗建议。同时，加强膝盖及周围肌肉的锻炼，改善跑步姿势，保持良好的体重和运动习惯，也能有助于预防此类疼痛。