蹲下低头时头疼可能是由以下几个原因造成的：

1. 眼睛疲劳：长时间低头看手机、电脑等活动容易导致眼睛疲劳，引发头痛感。
2. 眼睛压力变化：低头时眼睛的肌肉可能会受到额外的压力，这可能导致血液循环不畅，进而引起头痛。
3. 颈部问题：低头时间过长会导致颈部肌肉紧张、颈椎问题，如颈椎病，引发头痛。
4. 缺氧：低头时，头部距离心脏位置增加，血液回流可能会受影响，导致大脑供氧不足，引发头痛。
5. 神经受压：颈部的神经根受到压迫，也可能导致头痛。

建议你适当休息，每隔一段时间抬头活动，缓解颈部紧张；保持良好的坐姿和用眼习惯；如果频繁出现，还应该注意是否有其他症状伴随，如耳鸣、视力下降等，并及时就医。