屁股两侧疼痛可能有多种原因，其中一种可能是运动伤害，特别是跑完步后。长时间的跑步可能会对臀部肌肉，特别是髂腰肌和梨状肌造成压力，导致它们疲劳或者拉伤，从而产生疼痛。其他可能的原因包括：

1. 姿势不正确：如果跑步时脚步错误、骨盆过度前倾或后倾，都可能导致疼痛。
2. 过度训练：连续高强度的训练可能导致肌肉疲劳和损伤。
3. 鞋子不合适：不合适的跑鞋可能导致脚踝、膝盖或者臀部的压力分布不均。
4. 患有关节疾病：如髋关节炎等。

如果疼痛持续不减或者加重，建议停止运动，休息并冷敷患处，可以用非处方药如布洛芬来缓解疼痛。如果疼痛持续，或者影响功能，应该咨询医生，可能需要进行进一步的检查和治疗。同时，改善跑步技巧，穿着适合的跑鞋，以及逐渐增加运动强度，都是预防这种疼痛的有效方法。