早晨起床脖子痛肩膀疼可能有多种原因，包括以下几种：

1. 睡眠姿势不良：睡觉时，如果脖子或肩膀的姿势不正确，比如枕头过高或过低，可能会导致肌肉紧张，引发疼痛。

2. 过度使用或姿势不正确：长时间低头看手机或电脑，或者是做重力较大的工作，都可能导致颈部和肩部肌肉疲劳和疼痛。

3. 颈椎病：颈椎间盘突出、颈椎关节炎等颈椎病，也可能引起脖子痛和肩膀疼。

4. 睡眠质量不好：如夜间频繁翻身，睡眠浅，也可能会引发疼痛。

5. 冷感或湿气：气温低或者湿度大时，肌肉可能会更容易僵硬，引发疼痛。

如果疼痛持续不减或者影响到日常生活，建议去医院进行检查，确定疼痛的具体原因，以便采取合适的治疗措施。同时，保持良好的生活习惯，适当进行颈部和肩部的运动，保持良好的坐姿和站姿，也有助于缓解疼痛。