肠结核作为结核病的一种，它的鉴别诊断主要涉及以下几种疾病：

1. 克罗恩病 (Crohn’s disease)：这是一种慢性炎症性疾病，主要影响肠道，症状类似肠结核，如有腹泻、腹部疼痛、体重下降等。但克罗恩病表现为非特异性炎症，结核菌抗原或组织病理学检查通常可帮助鉴别。

2. 肠淋巴瘤：虽然罕见，但有时肠淋巴瘤会引起类似肠结核的肠道症状，如腹泻、厌食和体重下降。淋巴组织活检有助于鉴别。

3. 溃疡性结肠炎：这是一种肠壁炎症性疾病，主要表现为腹泻、腹痛和粘液便，但通过病史、体征和实验室检查（如结肠镜检查和组织病理）可以区分。

4. 阿米巴肠炎或寄生虫感染：如肠内阿米巴或鞭虫，可能引起相似的肠道症状，但通过大便检查和病原体培养可以鉴别。

5. 肠道真菌病或细菌感染：虽然不常见，但如沙门氏菌或耶尔森菌感染，也可能会表现为肠道炎症，需要通过微生物学检查进行鉴别。

6. 食物不耐受或过敏反应：这些情况可能导致类似肠炎的症状，但不会引起结核病的免疫学反应。

鉴别诊断过程中，结合病史、临床表现、实验室检查和内镜检查，以及合适的组织病理学分析，有助于做出正确的诊断。