做完双眼皮手术后，睫毛根部疼痛可能是由以下原因造成的：

1. 创伤恢复：手术过程中可能会触及到睫毛根部，手术后的肿胀和创口愈合过程中组织的摩擦可能导致疼痛。

2. 感染：如果手术后没有正确清洁或者控制感染，可能会引起睫毛根部感染，引起疼痛。

3. 神经刺激：手术过程中可能会损伤到睫毛根部的神经，术后一段时间内可能会有疼痛感。

4. 过度拉扯：手术后可能会有肿胀，不小心碰到或拉扯睫毛，也会引起疼痛。

5. 手术并发症：少见的情况下，如皮下积液、血肿等并发症也可能导致疼痛。

如果疼痛持续不减或者加重，建议及时联系医生检查，确保没有并发症并给予适当的治疗。同时，术后的恢复期间应遵循医生的建议，保持休息，避免刺激伤口。