肠结核的鉴别诊断主要考虑以下几个方面：

1. 克罗恩病（Crohn’s disease）：这是一种慢性炎症性肠病，与肠结核的临床表现相似，但其发病机制和结核杆菌感染不同。症状包括腹泻、腹痛、体重下降等，通过内窥镜检查、病理学评估和抗原检测等可区分。

2. 肠道功能性障碍：如肠易激综合征（Irritable Bowel Syndrome, IBS）、功能性消化不良等，它们的症状如腹痛、腹泻、便秘等与肠结核相似，但通常没有感染证据。

3. 肠道寄生虫感染：如阿米巴病、贾第虫病等，需要通过相关的实验室检查（如大便涂片、培养）来鉴别。

4. 慢性感染性肠病：包括梅毒、艾滋病等，需通过相关检查和病史了解。

5. 肠肿瘤：如结直肠癌，特别是晚期病变可能不易与肠结核区别，但肿瘤一般无结核结节、跳跃性溃疡，且可以通过组织活检鉴别。

6. 其他炎症性肠病：如炎性肠病性关节炎、肠炎性皮肤病、烟雾病等，需要通过详细的病史询问和相关检查来区分。

鉴别诊断时需要结合临床表现、实验室检查、影像学检查以及病史等多方面信息，必要时可能还需要组织学检查或抗结核治疗实验。