小便时小肚子疼可能是由多种原因引起的，具体如下：

1. 尿路感染：如尿道炎或膀胱炎，常伴尿频、尿急、尿痛等症状。

2. 肾结石：若疼痛位于腰部或下腹部，并伴有恶心、呕吐及血尿，可能是肾结石导致的。

3. 膀胱过度活动症：尿急，排尿次数增多，且会感觉到小腹疼痛。

4. 泌尿系统结构问题：如尿道狭窄、前列腺肥大等，也可能导致排尿时疼痛。

5. 尿路梗阻：如肿瘤、结石等导致尿路堵塞，会引起腹部疼痛。

6. 腹腔疾病：如阑尾炎、妇科炎症等，可能会反射到小腹部引起疼痛。

7. 过度用力：比如憋尿过久或排尿时用力过猛，也可能导致小腹不适。

如果经常出现这种情况，建议及时就医，由专业医生进行检查和诊断，以确定具体原因并采取相应治疗。