新生儿脑膜炎主要依靠以下几个方面的诊断：

1. 症状和体征：新生儿脑膜炎的早期症状可能并不明显，但可能会表现为不吃奶、哭声无力、过度嗜睡或烦躁不安、发热、抽搐等。医生会通过神经系统检查，包括观察眼球运动、反射反应以及运动能力，来判断是否存在脑膜炎的体征。

2. 免疫学检查：血液检查可能显示白细胞计数增加或C反应蛋白升高，这些都是感染的标志。此外，脑脊液检查是确诊脑膜炎的重要手段，通过腰椎穿刺取出脑脊液进行实验室检查，如细胞计数、蛋白质水平、糖和氯化物浓度等。

3. 病原学检测：对脑脊液样本进行培养或聚合酶链反应（PCR）测试，可以检测出引起脑膜炎的病原体，如细菌（如脑膜炎奈瑟菌、肺炎链球菌）、病毒（如单纯疱疹病毒、巨细胞病毒）或真菌等。

4. 影像学检查：如情况进行需要，可能进行头颅超声、CT扫描或MRI等检查，观察是否有脑水肿、脑室扩大等改变。

综上所述，新生儿脑膜炎的确诊需要结合临床表现、实验室检查和影像学检查等多方面信息来综合判断。一旦怀疑脑膜炎，应尽早进行诊断和治疗，以降低神经系统后遗症的风险。