肛瘘手术的风险主要包括以下几个方面：

1. 切口感染：手术后切口可能会感染，尤其是在清洁不到位或者免疫力较低的情况下。这可能导致疼痛、疤痕增生、炎症延长等问题。

2. 出血：手术过程中和术后都有可能出血，若控制不当，严重时可能需要再次缝合或输血。

3. 疼痛：手术后会有短期的疼痛和不适，通常通过止痛药物可以缓解。

4. 术后并发症：如肛门狭窄、肛门失禁、肛裂等，这些并发症的出现情况因人而异，取决于手术技术、病情和个人恢复情况。

5. 感染风险：手术植入物或切口可能导致局部或全身感染，需要及时处理。

6. 无法完全治愈：对于复杂性肛瘘，手术可能无法完全治愈，可能需要多次手术或者辅助其他治疗。

7. 术后恢复时间：手术后需要一定的恢复期，期间需要注意休息、饮食和个人卫生。

每个患者的病情和体质不同，手术风险的程度也会有所差异。在选择手术前，医生会根据患者的具体情况评估风险并提供充分的术前咨询。术后遵医嘱，保持良好的个人卫生习惯和生活习惯，有助于减少并发症的发生。