阴茎根部疼痛可能是由多种因素引起的，包括但不限于：

1. 尿路感染：如膀胱炎、尿道炎，常伴有尿频、尿急、尿痛等症状。
2. 性病：如淋病、非淋菌性尿道炎、生殖器疱疹等。
3. 阴茎海绵体炎：勃起时疼痛，可能与感染或炎症有关。
4. 结石：阴茎或尿道结石可能导致疼痛。
5. 阴茎损伤：如擦伤、拉伤或性交时的挫伤。
6. 睾丸问题：如睾丸炎、附睾炎或扭转。
7. 神经性疼痛：如疱疹性神经炎等。
8. 内分泌疾病：如睾丸扭转、精索静脉曲张等。

如果你持续感到疼痛，建议及时就医，由医生进行详细的检查和诊断，以便对症治疗。同时，保持良好的生活习惯，避免性生活过于频繁或不洁性行为，以防感染。