精子畸形率高达99%，意味着精子中正常形态的比例非常低，这可能会导致不育或者在受孕过程中影响胚胎的发育。这种情况通常被称为重度畸形精子症，属于男性生育障碍的一种。

目前对于精子畸形的治疗方法主要包括：

1. 药物治疗：某些药物如维生素E、叶酸、微量元素锌等可能有助于改善精子畸形率。

2. 生活方式调整：保持健康的生活习惯，如均衡饮食、适量运动、避免烟酒、减少压力等，有助于提高精子质量。

3. 手术治疗：如果存在某些结构性问题，如阻塞性输精管炎等，可能需要手术治疗。

4. 辅助生殖技术：如体外受精（IVF-ET）或卵子胞浆内单精子注射（ICSI）等技术，可以绕过精子质量问题，直接将健康的精子注入卵子中。

然而，治疗效果因人而异，重度畸形精子症的治疗困难度较高，成功率可能相对较低。建议咨询专业医生，根据具体情况制定个性化的治疗方案，并进行持续的健康管理。