怀孕三个月肚子胀痛可能是由以下几个原因引起的：

1. 子宫扩张：随着孕期的发展，子宫会不断扩张，可能会引起肚子的轻微胀痛。这种疼痛通常会逐渐减轻，但如果疼痛过于剧烈或持续不断，应立即就医。

2. 胎盘植入：在怀孕早期，胎盘会逐渐植入到子宫壁中，这个过程有时可能会引起轻度的腹部不适。

3. 消化问题：由于激素的影响，消化系统可能会变得敏感，导致肠胃胀气，也可能会引起肚子胀痛。

4. 紧张或压力：过度的压力或焦虑也可能导致肚子不适，尤其是在怀孕期间，可能会有较多的不舒适感。

5. 流产风险：虽然这不是所有情况下都会发生，但轻微的肚子胀痛也可能是早期流产的征兆，特别是伴随其他出血症状时，应立即就医。

如果疼痛持续不断、加剧、伴有阴道出血、发热等症状，孕妇应立即去医院就诊，因为这可能是某种严重问题的信号，比如宫外孕等。最好提前做好产检，有医生的指导和监控更安全。