克罗恩病是一种慢性、炎性的肠道疾病，通常表现为肠道的肿胀、疼痛和溃疡。肛瘘是由于克罗恩病影响到肛门区域的肛管和直肠时，出现的一种并发症，其发生主要是以下几个步骤：

1. 克罗恩病侵犯：在克罗恩病患者中，炎症常常累及到大肠末端，特别是直肠和肛门。炎症可能导致肠道壁的破坏和狭窄。

2. 肠黏膜破裂：在炎症过程中，肠壁可能出现破裂，形成感染性的溃疡，这些溃疡可能会延伸至肛门附近。

3. 瘘管形成：破裂处可能会形成一个或多个管道，这些管道通向肛门外部，被称为肛瘘。它们是由于病原微生物（如细菌）侵入伤口，并且与体内的脂肪和结缔组织混合，形成感染管道。

4. 疼痛和排泄问题：肛瘘通常伴随着疼痛、瘙痒、排便不适以及黏液或脓液排出，这是由于感染和炎症持续存在的结果。

值得注意的是，并非所有克罗恩病患者都会发展肛瘘，但是这个并发症在病程中较为常见，特别是当疾病进展至肛门、直肠区域时。如果出现上述症状，应及时就医，以便早期诊断和治疗。