阴茎根部右侧隐隐作痛可能有多种原因，包括但不限于以下几个方面：

1. 尿路感染：尿路感染（包括膀胱炎或肾盂肾炎）可能会引起阴茎和腹股沟区域疼痛。
2. 性传播疾病：某些性传播疾病如淋病、非淋菌性尿道炎等可能引起类似症状。
3. 包皮炎或包茎：包皮炎是包皮内部炎症，可能会引起疼痛并常伴有红肿等症状。
4. 前列腺问题：前列腺炎、前列腺增生或结石等可能导致该部位不适。
5. 肌肉或韧带拉伤：过度使用、性行为时用力不当或其他原因可能导致阴茎周围肌肉或韧带受伤。
6. 附睾炎：附睾是男性生殖器官之一，附睾炎时可能会出现局部疼痛。
7. 阴茎损伤：外力撞击或挤压也可能引起疼痛。

如果疼痛持续存在或加重，建议及时就医，进行相关检查以确定具体原因，并得到适当的治疗。同时，保持良好的生活习惯，如避免过度劳累、保持个人卫生等，都有助于减少疼痛发生的可能性。