面瘫针灸后出现耳根后疼痛可能是由于以下原因：

1. 针灸治疗过程中的刺激：有时候在针灸治疗过程中，可能会不小心刺激到耳朵附近的神经，尤其是耳后的耳大神经，这可能导致短暂的疼痛感。

2. 神经损伤修复过程：针灸治疗的目的之一是刺激面神经，促进神经的恢复。在恢复过程中，周围神经可能会因为再生或修复而产生一些疼痛反应。

3. 局部炎症或水肿：针灸治疗可能导致局部有一定程度的炎症反应或组织水肿，从而引起疼痛。

4. 疼痛敏感：每个人对疼痛的敏感度不同，有的人可能对针灸治疗后的轻微疼痛反应更为敏感。

如果疼痛持续不减或者疼痛程度加重，建议及时联系你的针灸师或医生，他们可以根据具体情况进行评估和处理。同时，可以尝试用冷敷或轻柔按摩缓解疼痛。