精子畸形率高达99%，这是一种严重的不育问题，也称为高畸形率精子症。这种情况下，建议你咨询专业的男科医生或生殖专家，因为直接给出治疗建议是不适当的。以下是一些一般性的处理建议：

1. 定期就医：首先，需要和医生进行详细的检查，包括精液分析、染色体分析、性激素检查等，以了解具体原因。

2. 药物治疗：如果是因为激素失衡或感染引起的，医生可能会开具适当的药物进行调整。

3. 营养补充：增加富含维生素和矿物质的食物，如叶酸、锌、硒等，这些对生育健康有帮助。

4. 生活方式改变：避免过度劳累、戒烟戒酒、保持健康体重，减少环境污染，这些都有助于提高精子质量。

5. 心理支持：高畸形率可能会对心理产生负面影响，心理咨询和心理支持也很重要。

6. 辅助生殖技术：对于病因不明或者治疗无效的案例，可能需要考虑采用辅助生殖技术，如体外受精（IVF）。

记住，每个人的情况都是独特的，治疗方案应由专业医生根据具体评估结果制定。因此，对于任何治疗方法，一定要遵医嘱进行。