怀孕期间卵巢囊肿并非一定会消失，因为囊肿的形成可能与多种因素有关，包括排卵异常、内分泌失调或卵巢的生理变化。有的囊肿可能会随着月经周期自然消失，尤其是直径小于3厘米的生理性囊肿，这被称为功能性囊肿。但是，直径较大或者持续存在的囊肿，特别是在怀孕期间发现的，通常需要医生评估是否需要进一步治疗，因为囊肿可能会增大或影响胎儿，甚至引发并发症。

在怀孕期间，特别是孕早期，卵巢囊肿可能会因为激素的影响增大而不易自行消退。此时，医生可能会建议定期观察，不做外科手术治疗，以免影响胎儿。在孕期结束后，多数功能性囊肿会自行消失。

因此，在怀孕期间有卵巢囊肿，应遵循医生的建议进行检查和处理，确保母婴的安全。