牙根处有裂缝并伴随疼痛可能是牙髓炎或者牙周病等问题，需要及时就医。以下是几种可能的处理方式：

1. 停止刺激：避免刷牙时过于用力，尤其是痛处，以免加重疼痛。

2. 冷敷：可以用冰袋包裹湿布敷在疼痛的部位，有助于缓解疼痛和减轻肿胀。

3. 疼痛药物：可以暂时服用非处方的止痛药，如布洛芬，但请注意遵医嘱。

4. 专业检查：尽快预约牙医进行检查，他们可能会进行X光检查以确定问题的具体原因，然后给出相应的治疗方案，比如根管治疗或牙齿填充。

5. 预防感染：如果牙医认为有感染的风险，可能会开抗生素。

请记住，自我处理只是临时的缓解，长期的健康问题需要专业的牙医治疗。切勿拖延时间，以免病情加重。