早上醒来肚子疼并伴有腹泻可能是由多种原因导致的，以下是一些可能的原因：

1. 饮食问题：可能是由于前一天晚上吃了不干净的食物或者过于油腻、辛辣的食物，引发肠胃不适。
2. 消化不良：饮食不规律、吃得过快或者压力大都可能导致消化系统问题。
3. 饮水不足：有时候，脱水也会引起腹泻，特别是在睡眠过程中，身体的新陈代谢仍在继续，如果不及时补充水分，可能会导致肠胃不适。
4. 感染：如细菌、病毒或寄生虫感染（如肠胃炎）也可能引起腹泻。
5. 过敏或食物不耐受：对某些食物过敏或者有食物不耐受的人，也可能出现这种症状。

如果这种情况持续存在或者频繁出现，建议你及时就医，以便找出根本原因并获得适当的治疗。同时，保持良好的饮食习惯，多喝水，避免吃刺激性食物，也可以有所帮助。