甲状腺结节隐隐痛可能是由以下原因导致的：

1. 结节囊内出血：甲状腺结节内部如果有出血，可能会引起疼痛感觉，这种疼痛多为突然性，可能伴有吞咽困难。

2. 感染：如果结节发生感染，如结节周围发炎或化脓，也会引起疼痛，常常伴有发热、局部红肿等症状。

3. 结节增生或恶变：一些结节在生长过程中可能对周围组织施加压力，引起疼痛。此外，甲状腺恶性结节在发展过程中，也可能出现类似症状。

4. 神经受压：极端情况下，如果结节较大或者有多个结节，可能压迫周围神经导致疼痛。

5. 其他疾病：如颈部肌肉拉伤、颈椎病等也可能引起颈部不适，需与其他原因进行区分。

如果甲状腺结节出现隐隐痛的情况，建议及时就医，通过专业医生的体检和相关检查（如超声、甲状腺功能检测等）来确定疼痛的原因，以便对症治疗。若疼痛严重或伴随其他症状，应立即就医。