龟头流黄脓且伴有小便疼痛可能是由于以下原因引起的：

1. 阴茎头部感染：可能是细菌性感染（如尿道炎、淋病等）或真菌感染（如念珠菌病）。

2. 性病：例如非淋菌性尿道炎、性病性淋巴肉芽肿等。

3. 刺激或损伤：如过度清洁或使用刺激性强的清洁产品。

4. 包皮炎：包皮下面的皮肤炎症，若伴有包皮过长，可能导致感染。

5. 尿道结石：尿液中的矿物质结晶堵塞尿道，也可能引起疼痛。

建议你尽快去医院就诊，由专业医生进行检查和诊断，以确定具体原因并给出针对性的治疗方案。同时，避免性行为直到症状完全消失，以防止病情加重或传染给他人。不要自行用药，以免掩盖症状或使病情复杂化。