慢性骨髓炎的确诊一般比较明确，但有时候可能会与以下疾病混淆：

1. 骨肿瘤：骨肿瘤如骨肉瘤、骨转移瘤、骨巨细胞瘤等，也会表现为骨质破坏，但通常没有感染病史，骨破坏边缘规则，常伴有疼痛和肿块，需要通过影像学和肿瘤标记物检查鉴别。

2. 骨质疏松性骨折：老年或骨质疏松患者，如果出现骨折后长期不愈合，也可能误诊为慢性骨髓炎，需通过骨密度检查和断层影像区分。

3. 结核性骨髓炎：虽然罕见，但与细菌性骨髓炎相似，表现为骨质破坏，但结核的病史、结核菌素试验或相关病原学检查（如涂片找结核杆菌）有助于鉴别。

4. 创伤性骨折：骨折若愈合不良或无明显外伤史，长期疼痛或肿块、局部皮肤色素沉着，也可能与慢性骨髓炎混淆，需要详细的病史询问和影像学检查。

5. 其他炎症性疾病：如类风湿性关节炎、强直性脊柱炎等关节疾病，也可侵犯骨骼，但通常会有相应的全身症状和关节表现。

要准确鉴别，通常需要临床医生结合病史、临床表现、影像学检查以及必要时的实验室检查等多种方法进行诊断。