自然流产后腰疼可能是由于子宫复旧不全或子宫内膜修复不全等原因引起的。自然流产后，子宫内膜受损，子宫内膜修复需要一段时间。在这个过程中，子宫内膜的修复可能会导致腰疼。

腰疼可能是子宫内膜修复过程中子宫收缩引起的。子宫收缩是为了促进子宫内膜的修复和愈合。当子宫收缩时，子宫周围的肌肉和韧带可能会感到疼痛。

除了子宫内膜修复，腰疼还可能与子宫复旧不全有关。子宫复旧不全是指子宫在流产后未能完全恢复到怀孕前的大小和形态。这种情况可能会导致腰疼。

如果腰疼持续存在或加重，建议咨询医生进行进一步检查。医生可能会进行子宫内膜检查、子宫复旧检查等，以确定腰疼的具体原因。

治疗自然流产后腰疼的方法可能包括休息、热敷、理疗和药物治疗。具体治疗方法应根据医生的建议和病情来确定。