甲硝唑和奥硝唑都属于硝基咪唑类抗菌药物，常用于治疗一些感染。尽管它们都有类似的药理作用，但甲硝唑和奥硝唑在临床用途、化学结构和药效上有以下区别：

1. 化学结构：

   • 甲硝唑：原药名为Metronidazole，化学式为C6H7N3O，含有一个2-甲氧基苯基和一个硝基。
   • 奥硝唑：原药名为Ornidazole，化学式为C11H9N3O，结构稍有变化，有1个5-氧甲基取代的2-甲氧基phenyl group。

2. 药效：

   • 甲硝唑：主要用于抗厌氧菌感染，如消化系统、女性生殖道、呼吸道、牙齿和牙周病，以及外伤感染等。它也用于治疗一些原虫感染，如阴道滴虫病和贾第鞭毛虫病。
   • 奥硝唑：虽然与甲硝唑相似，但通常对厌氧菌的抗菌活性略弱，但可能具有更好的组织穿透力。临床用途可能包括消化系统感染，阴道微生物平衡失调，以及一些许诺病原体感染。

3. 用法和副作用：

   • 两者在用药剂量和用量上有不同，应对症开出，按医嘱使用。一般而言，对不适的副作用相似，如恶心、胃部不适、头痛等。

4. 许可和适应证：

   • 奥硝唑可能在全球范围内有更多的少品种和特殊用途的许可，这取决于地区和各国的监管。

总之，甲硝唑和奥硝唑在化学结构及用途上有细微的差异，选择哪种药物取决于临床诊断、药物特性以及医生的治疗建议。在使用时，应严格遵循医嘱。