肛瘘切开术是一种常见的治疗肛瘘的方法，其主要目的是切除肛门周围的病灶，包括内口、外口和瘘管。然而，任何手术都存在一定的缺点，肛瘘切开术的缺点如下：

1. 疼痛：手术过程中和术后患者会感到一定的疼痛，尤其是在切开较大的肛瘘管或者切除瘢痕组织时。

2. 并发症：手术可能引起感染、出血、肛门狭窄、排便困难等并发症，特别是在手术技术不熟练或者术后护理不当的情况下。

3. 切口愈合时间长：肛门部位的愈合速度相对较慢，切口可能会经历较长的时间才能完全愈合。

4. 有复发的风险：虽然肛瘘切开术可以治疗肛瘘，但有复发的可能，尤其是如果最初没有完全切除病灶或者病灶再生等情况。

5. 影响生活质量：术后需要遵循一定的饮食和生活习惯，如避免便秘，而这可能在短期内影响生活质量。

6. 术后的不适和恢复期：术后可能会有不适感，如瘙痒、排便时肛门疼痛等，需要一段时间进行恢复。

每个患者的情况可能会有所不同，因此如果需要进行肛瘘切开术，最好在医生的指导下进行，根据个人的具体情况选择最合适的治疗方案。