大姨妈来了腰疼肚子疼可能是因为多种原因引起的。以下是一些可能的原因：

1. 子宫内膜异位症（Endometriosis）：这是一种常见的妇科疾病，其中子宫内膜细胞生长在子宫内膜以外的部位，如子宫肌层、卵巢、输卵管等。这些异位的子宫内膜可能会引起疼痛和炎症，包括腰疼和肚子疼。

2. 子宫肌瘤（Uterine Fibroids）：子宫肌瘤是子宫内膜层或子宫肌层内形成的良性肿瘤。它们可能会引起子宫增大，从而引起腰疼和肚子疼。

3. 子宫内膜异位囊肿（Endometrioma）：这是子宫内膜异位症的一种特殊类型，其中异位的子宫内膜形成了囊肿。这些囊肿可能会引起疼痛和炎症，包括腰疼和肚子疼。

4. 盆腔炎（Pelvic Inflammatory Disease, PID）：这是一种常见的妇科感染，可能由性传播感染（STI）引起。盆腔炎可能会引起盆腔疼痛，包括腰疼和肚子疼。

5. 子宫内膜异位症和盆腔炎的交叉感染：这两种疾病可能相互影响，共同引起疼痛和炎症。

如果你有这些症状，建议咨询医生进行进一步的检查和诊断。医生可能会进行妇科检查、血液检查和可能的影像学检查（如超声或MRI），以确定具体的病因。治疗方案可能包括药物治疗、手术治疗或两者结合。