脚大拇指根部疼痛可能有多种原因，以下是一些常见的可能性：

1. 扁平足：这是最常见的原因之一，脚部骨骼形状异常，可能导致脚部疲劳和痛感。

2. 足底筋膜炎：又称“足跟痛”，是足底筋膜受到过度拉伸或损伤时引起的疼痛，常见于大拇指根部。

3. 骨刺或骨疣：长期的磨损或压力可能导致骨头增生，形成骨刺，会引起疼痛。

4. 跖骨骨裂或疲劳骨折：在运动或走路时，由于冲击或过度使用，脚大拇指前方的骨头可能出现疲劳或断裂。

5. 关节炎：如痛风性关节炎、骨关节炎等，炎症会影响关节部位，表现为疼痛。

6. 其他原因：如穿不合适的鞋子、长时间站立或走路、劳累、感染等也可能引起疼痛。

如果你的疼痛持续或者影响到日常生活，建议及时就医，由专业医生进行详细检查并给出正确的诊断和治疗方案。