做完肠镜后，肚子疼可能是正常的身体反应之一，因为肠镜检查过程中可能会对肠道产生一定的刺激。以下是一些可能的原因：

1. 肠道气体：由于肠道内部气体的排出，可能会引起短时的腹部不适。
2. 麻醉剂：如果在检查中使用了麻醉药物，可能会有轻微的胃肠道反应，包括疼痛。
3. 检查后的清洗：有时候，医生会在结肠内部清洗以清除残留的染色剂，这可能导致一些不适感。
4. 刺痛或炎症：有时候，插入肠镜时可能会碰到肠道的敏感区域或引起轻微的炎症，这也可能导致轻微疼痛。

如果疼痛持续不减或加重，伴随着其他症状，如发热、血便、呕吐等，应立即联系医生，可能需要进一步检查或治疗。保持充足的水分和休息也有助于恢复。