膝关节是一个复杂且易受伤的关节，蹲下时疼痛可能是由以下几个原因导致的：

1. 关节软骨磨损：长时间蹲下或年龄增长可能导致关节软骨磨损，尤其是在蹲起和落下时，压力集中在关节部位，加重了关节的磨损，从而引起疼痛。

2. 韧带或肌肉拉伤：膝关节周围的韧带或肌肉如股四头肌、股内侧肌等在蹲下时承受较大压力，如果过度伸展或拉伤，会引起疼痛。

3. 膝关节炎：如风湿性关节炎、骨关节炎等，会导致关节间隙变窄，软骨磨损，蹲下时关节受力不均，引起疼痛。

4. 半月板损伤：半月板是膝关节内缓冲压力的软骨，若受到损伤，蹲下时可能会引起疼痛。

5. 髌骨问题：如髌骨软化症、髌骨摩擦症等，也会在蹲下时引发疼痛。

6. 其他：过度训练、运动损伤、滑膜炎或骨折等也可能导致蹲下时膝关节疼痛。

如果疼痛持续不断或严重影响日常活动，建议及时就医，进行相关检查以明确病因，并接受适当的治疗。平时可以注意休息，避免过度活动，适当进行膝关节的稳定性和力量锻炼。