药流后如果没有完全清除宫腔内的组织，可能会导致以下几种问题：

1. 残留组织：可能会形成宫内残留物，如胎盘组织、胚胎组织等，这会导致持续的阴道出血，时间长了可能引发感染、贫血、疼痛和月经不调等。

2. 感染：残留的组织给细菌提供了繁殖的环境，可能会导致子宫内膜炎、盆腔炎等感染，出现发热、腹痛、阴道分泌物增多等症状。

3. 不孕：长期宫腔内残留可影响生育能力，可能导致宫腔黏连或输卵管阻塞，增加不孕的风险。

4. 月经问题：如月经周期不规律、经量增多或减少等。

5. 长期不适：如经期腹痛加重、痛经等。

因此，如果药流后出现持续出血、腹痛、发热等症状，应及时就医，医生可能会建议进行清宫手术，以确保子宫内环境干净，避免上述并发症。在药流后，定期复查也是非常重要的，便于医生及时发现并处理任何可能的问题。