孕39周腰疼可能是由于以下几个原因：

1. 生理性变化：随着孕期的推进，孕妇的体重增加，腰部承担的压力也会增大，这可能导致腰疼。特别是在孕晚期，胎儿增大可能会压迫到骶尾神经，产生腰疼。

2. 孕晚期姿势改变：长时间站立或坐着，腰部肌肉需要维持一个固定的姿势，可能会引发疼痛。此外，睡觉时姿势不当也可能加重腰疼。

3. 关节松弛：随着韧带松弛，以准备分娩，孕妇可能会感到腰部关节不适。

4. 子宫收缩：临近分娩，子宫会开始规律收缩，这些宫缩可能会引起腰疼。

5. 坐骨神经痛：尽管不是所有孕妇都会经历，但一些孕妇可能会因为坐骨神经受压而感到腰部或臀部疼痛。

如果腰疼伴随着其他症状如阴道出血、胎动异常、频繁宫缩，可能存在早产的风险，应立即就医。如果疼痛持续，不能忍受或影响到日常生活，建议咨询产科医生，他们可能会根据你的具体情况给出相应的建议和治疗。