跑步时肚子疼可能是由多种原因引起的：

1. 肠胃问题：跑步过程中，身体需要大量供能，如果你之前吃了一顿过于油腻或者难以消化的食物，可能会刺激肠胃，尤其是对于肠胃功能不强或者有肠胃疾病的人来说。

2. 运动不当：如果你是初次开始跑步，或者没有逐步增加跑步强度，而突然加大运动量，可能会导致腹部肌肉拉伤或内部器官受到影响而疼。

3. 呼吸方式：如果你的呼吸方式不正确，比如跑步时过度呼吸或呼吸急促，可能会使腹部压力增大，引起疼痛。

4. 痉挛或胃肠痉挛：跑步时，特别是跑得过快或过久，可能会导致肠道气体增加，引起痉挛或胃痉挛。

5. 体位问题：跑步姿势不正确，如腰背拱起或腹部向前凸出，也可能会压迫肠胃导致不适。

6. 过度训练：过度训练也可能引发运动性腹痛，尤其是腹肌和核心肌群过度疲劳时。

如果你跑步后经常肚子疼，最好先暂停运动，观察一两天看看是否有改善。如果疼痛持续，建议咨询医生，可能需要检查是否存在消化系统或者其他健康问题。在跑步时，适当的热身、逐渐增加运动量，保持正确的呼吸和跑步姿势，都是非常重要的。