精子变咖啡色是一种罕见的现象，通常被称为“咖啡精”。这种现象可能是由于精原细胞在发育过程中出现了异常，导致精子的染色质发生变化。

关于这种现象是否会自愈，答案是不确定的。目前并没有足够的研究来明确咖啡精的自愈率。然而，一些研究表明，咖啡精可能是一种良性疾病，不会对患者的健康产生负面影响。

然而，如果出现咖啡精，建议患者咨询专业医生或生殖科医生的意见。他们可以提供更详细的信息和建议，以帮助患者更好地了解这种现象，并确定是否需要进一步的治疗。

总之，咖啡精是一种罕见的现象，自愈率不确定。建议患者咨询专业医生或生殖科医生的意见，以获取更多的信息和建议。