南京有很多医院可以治疗尖锐湿疣，以下是一些具有较高声誉的医院，供您参考：

1. 南京市第二医院（玄武区中山路213号）：皮肤性病科是该医院的特色科室之一，专业治疗各类皮肤病和性病，包括尖锐湿疣。

2. 南京市妇女儿童医院（雨花台区龙蟠里19号）：医院性病科也有丰富的治疗经验和设备，对于女性尖锐湿疣的治疗有专业优势。

3. 南京市第一医院（鼓楼区中山路321号）：作为江苏省及南京市的重点医疗机构，该医院的皮肤科和性病科技术和设备都比较先进。

4. 南京市口腔医院（鼓楼区广州路213号）：可能不太常见，但有些性病是由性行为传播的，如果您有性病和口腔相关症状，口腔医院可能会提供帮助。

以上医院仅供参考，就诊时请根据自身具体情况选择适合的医院，并在就诊时提前预约，以确保能得到及时和专业的治疗。同时，性病需要在医生指导下进行治疗，切勿自行购买药物或耽误治疗。