牙齿根部发黑可能有以下几种原因：

1. 牙本质发育不全或牙釉质磨损：当牙釉质磨损或表面脱落，牙本质暴露时，牙本质的颜色比牙釉质更暗，显得根部较黑。

2. 菌斑和牙石积聚：牙结石和牙菌斑（牙齿上的软硬垢）长期得不到清洁，会逐渐附着在牙齿表面和根部，导致颜色变深，甚至形成黑色。

3. 细菌感染：牙周疾病，如牙周炎，可能会导致牙龈退缩，暴露牙根，使牙齿根部发黑。

4. 口腔术后或外伤：如果近期做过牙齿美白手术或者有过牙齿外伤，可能会在短期内出现牙齿根部发黑的情况，这通常在恢复期内自行消退。

5. 药物或内源性因素：长期服用某些药物（如铁剂、四环素等）可能会让牙齿颜色改变，也可能与口腔内色素沉着有关。

6. 龋病或龋齿：靠近牙根部的龋坏也可能呈现黑色，需要及时就医。

如果牙齿根部发黑并伴有牙痛、出血、口臭等症状，应尽快去看牙医，以便找出具体原因并进行治疗。