三岁小孩耳朵疼可能是由多种原因引起的，最常见的包括：

1. 中耳炎：这是儿童耳痛的常见原因，尤以急性中耳炎最为常见，通常由病毒或细菌感染引起，如感冒。

2. 耳垢积累：耳垢堵塞耳道也可能造成耳朵不适，尤其是如果小孩自己挖耳朵或者耳垢干燥硬化。

3. 水进入耳朵：在洗澡或游泳时，水可能渗入耳朵，导致耳朵疼痛、发炎。

4. 耳部受伤：偶然的碰撞或摔倒可能导致耳朵疼痛。

5. 过敏：对某些物质过敏，如化妆品、洗涤剂或金属，也可能引起耳部不适。

6. 其他耳部疾病：比如外耳道炎，耳道异物，或者耳蜗炎等。

如果孩子的耳朵持续疼痛或伴有其他症状（如发热、哭泣不安、抓耳朵等），应尽快带孩子去看医生，以便及时诊断和治疗。