肛肠镜和肠镜都是用来检查消化道的内窥镜，但它们的检查部位和用途有所不同。

1. 肠镜：肠镜（又称胃镜或大肠镜）是医生用来检查从口腔到直肠整个结肠内部的设备。它主要用于诊断结肠疾病，如结肠息肉、炎症性肠病、肠癌等，从大肠开始，逐渐下行至直肠。

2. 肛肠镜：肛肠镜是一种专用内窥镜，主要检查的是肛门和直肠的区域。它可以用于检查肛门疾病，如痔疮、肛裂、肛门瘙痒、肛门湿疹、直肠疾病如直肠息肉、直肠炎症、肛管狭窄等。由于肛门和直肠的位置较深且隐蔽，肛肠镜的镜头更细小，操作起来更为精确。

所以，肠镜是对消化道上部的大范围检查，而肛肠镜是针对消化道末端的局部检查。如果医生建议做肛肠镜检查，可能是针对你的直肠或肛门区域有疑虑，需要进一步确认。同样，如果需要进行全面的消化道检查，医生可能会选择做肠镜。