南京有很多医院可以治疗扁平疣，以下是一些比较知名的皮肤科医院，供您参考：

1. 南京市第一医院皮肤科

   地址：南京市玄武区中山路321号

   电话：025-83191200

2. 南京市中医院皮肤科

   地址：南京市秦淮区中华路1号

   电话：025-84708000

3. 南京市鼓楼医院（南院）

   地址：南京市鼓楼区广州路213号

   电话：025-83269444

4. 南京市儿童医院

   地址：南京市白下区汉中路1号

   电话：025-84835483

5. 南京市江宁区医院皮肤科

   地址：南京市江宁区健民路2号

   电话：025-52831111

在选择医院时，建议您根据自身的实际位置、医院的专业水平以及医生的经验来决定。同时，可以先电话咨询或者网上预约，看下是否有适合的专家号。