小便时小肚子疼可能是由几种原因引起的：

1. 尿路感染：这是最常见的原因之一，细菌感染尿道或膀胱会引起尿频、尿急、尿痛和小腹部疼痛。女性因其生理结构易感尿路感染。

2. 膀胱炎或肾炎：这两种炎症都可能导致小腹部不适，尤其是在排尿时。

3. 结石或结晶：尿液中的矿物质形成结石后，随尿液通过时可能会刺激尿道或膀胱，导致疼痛。

4. 肠胃问题：有时候消化系统的问题，如肠炎或胃病，也可能引起腹部不适，但这种情况较少见。

5. 其他因素：如膀胱痉挛、过敏反应或某些疾病（如糖尿病、肾病）也可引起类似症状。

如果你经常有这种症状，建议及时就医，医生会通过相关检查来确定原因并给出治疗建议。在此期间，保持充足的水分，避免过度劳累，以及注意个人卫生都有助于缓解症状。